拆迁协议是涉及到国家财产、土地资源利用、城市规划和公共利益等多个领域的文件，是政府与拆迁户之间权益分配的重要依据，因此拆迁协议的保存非常重要。
在我国，拆迁协议的保存主要由两部门负责，一是国土资源部门，二是房地产管理部门。
国土资源部门是拆迁协议的主管部门，根据《中华人民共和国国土资源管理法》和《国家土地督查工作细则》，国土资源部门应当建立和实施全国土地资源监察和审计制度，受理和处理有关土地违法行为、土地纠纷和举报投诉等事项，保存相应的拆迁协议。国土资源部门对拆迁协议的保存，主要是保障土地的管理、利用和保护，防止土地流失和浪费，保证拆迁权利的合法性和可行性。
房地产管理部门是在城市规划和建设中与拆迁息息相关的部门，根据《城市房地产管理法》和《房屋拆迁管理办法》的规定，房地产管理部门负责制定和管理城市房地产开发计划、土地资源利用政策和城市规划，同时也承担着拆迁安置、补偿和管理的责任，保存相关的拆迁协议。房地产管理部门对拆迁协议的保存，主要是确保拆迁业务的规范性和合法性，防止拆迁中的不当行为和权益受损。
除了以上两个部门，还有一些地方政府把拆迁协议的保存工作交由社区居委会、城管等相关部门去执行。这些部门具体负责的任务包括拆迁协议的登记备案，拆迁协议的保存和维护，组织拆迁业务的实施和监督。
总之，拆迁协议的保存是一个宏大的工程，需要多个部门协同配合，并且保存不仅仅是一个管理问题，更是体现国家法制和民生保障的重要方面。只有对拆迁协议的保存加强监督和管理，才能有效维护拆迁双方的权益，促进社会的和谐稳定。
