根据我司了解，协议离婚后户口本会有变更。在离婚协议中，夫妻双方已经协商好了财产分配、子女抚养、赡养等问题，同时也会涉及到夫妻双方的户籍问题。
一般情况下，夫妻双方在协议离婚后会要求更改户籍，特别是在需要重新安排子女抚养问题时，更换户籍是必须的。在协议离婚中，夫妻双方将户口迁移至自己新的居住地，以便在新的居住地注册子女的户口，并能顺利实现子女的抚养权分配。
另外，在协议离婚中，夫妻双方要合理分配财产，如果共有财产需要分割，则需要通过更换户籍，将财产抵达到每个人的名下，以保障自己的权益。因此，离婚协议达成后，更改户籍是必要的操作。
总之，协议离婚后户口本有变更是正常的情况，夫妻双方需要根据协议离婚的内容，对户籍、财产等问题进行合理分配和更改。如果您需要了解更多有关离婚协议和户口变更的相关信息，请咨询专业律师。
