对于拆迁协议不盖章公证是否有效的问题，需要根据具体情况进行判断。一般来说，拆迁协议是政府与被拆迁人之间的正式文件，应当经过双方签字盖章的形式进行确认。如果拆迁协议未经过签字盖章，是无法作为有效证据来支持被拆迁人的合法权益的。
在一些特定的情况下，未经签字盖章的拆迁协议可能不影响其有效性。例如，如果个别政府官员具有代表政府的权力，能够以其个人名义签署文件的情况下，即使拆迁协议未经过盖章，也可能有效。但是，这种情况必须得到相关法律法规的认可和支持。
对于拆迁协议不盖章公证的问题，公证本身不代表对该协议的法律效力做出任何认可。公证只是在证明文件真实性及其签署方身份的基础上进行的，不能代替缺少签字盖章的拆迁协议本身的合法性。
因此，为了保障被拆迁人的合法权益，建议在签订拆迁协议时，强烈要求政府方确保协议经过签字盖章。对于未经签字盖章的拆迁协议，如果需要通过法律手段来维护合法权益，往往需要其他证据的支持，而不是简单地依赖于公证本身。
