协议离婚补偿款的打卡问题，需要从不同的角度来考虑。
首先，在立案时，离婚协议的财产分割、子女抚养、探视等内容需要被记录下来，也就是说，离婚协议需要有一份书面文件。这份协议书并不需要打卡，但需要双方当事人签字盖章，并且可作为离婚判决的依据。如果双方当事人对协议内容不满意，可通过司法途径进行争议解决。
其次，就打卡的角度来看，如果离婚补偿款是用于支付子女抚养费用等实际支出，那么应该考虑打卡。因为实际支出有可能需要报销，报销时需提供支出的凭据，打卡即可作为凭据之一。另外，一些单位或者第三方平台要求需要提供打卡凭证才能进行报销或结算等操作。
最后，在离婚协议中，如果双方当事人协商并达成一致，可以规定离婚补偿款的打卡方式以及具体金额等。但需要注意的是，如果打卡金额过高，可能面临税务问题。因此，在协议中规定打卡金额时，需要考虑税务规定以及相关法律法规。
总之，协议离婚补偿款是否需要打卡，需要根据具体情况进行考虑。从法律角度来说，不需要强制打卡，但可以在协议中规定打卡方式以及金额等。同时，需要考虑实际支出报销时的凭据等方面问题。
