商都县协议离婚可以在当地人民法院进行办理。在具体的操作流程方面，可以参考下面的步骤：
1. 双方通过协商达成离婚协议，协议内容需要包括离婚事由、子女抚养、财产分割等内容。
2. 双方签订离婚协议书，并将协议书公证。公证处可以在商都县市政府门口的法律服务大厅进行办理。
3. 在公证完成之后，需要到当地人民法院进行离婚申请。离婚申请书需要附上公证的离婚协议书和相关证件。
4. 当地人民法院受理申请后，会安排一次离婚调解。如果调解成功，可以结束离婚程序。如果调解不成功，那么法院会判决离婚。
需要注意的是，在离婚程序中，双方需要保持冷静，理智处理问题。为了避免过度情绪化的情况发生，建议咨询专业律师或心理医生的意见。
