怀孕期婚姻关系出现问题，需要协议离婚时，先要明确的是离婚所在地的法律法规及相关规定，尤其是关于离婚及财产分割方面的相关规定，以便作出合理合法的决定。
1.达成协议：双方需就财产分割、子女抚养、探视、控制权等问题进行协商，纠正不合理的分配方案。协议的条款必须明确、有限。然后，征得律师的意见，确保协议不违反相关法律法规。
2.起诉离婚：如双方已达成协议，可以在离婚登记处申请办理。但如果协议并不满足法定要求，需打起诉状，由律师代理，申请法院进行调解和审理。
3.排除可能产生争议的问题：有些问题可能会受到法院的审查和判决。一旦出现争议，律师要及时协商并通过上述途径解决。
4.进行法庭确认：在达成协议、起诉离婚、排除问题之后，法庭将确认协议及离婚意愿，进而宣布离婚。
协议离婚的流程需要一定的时间和耐心，双方都需要理性看到问题，并为其早日解决而积极努力，既不会影响孩子的成长，也能够实现个人目标的追求。
