上海离婚协议应该存档在以下三个地方：
1.民政局婚姻登记处
民政局婚姻登记处是一个非常重要的地方，主要负责管理、记录和颁发婚姻证书以及各种婚姻文件。如果你和你的伴侣在上海进行了婚姻登记，那么你可以将你们的离婚协议存放在这里。这样做可以保证你的协议得到有效记录和保护，以免出现任何可能的法律纠纷。
2.法院
如果你选择通过法院离婚，那么你的离婚协议应该存档在法院。离婚协议通常是在离婚过程中达成的，这是由法院对双方进行调解后达成的协议，包含了财产分割、抚养子女、财务补偿等细节。存档于法院可以更好地将离婚协议贴近于法律的规范和监管，确保双方的权益得以保护。
3.公证处
在上海市公证处公证确定的离婚协议，应该存档在公证处，以便未来进行举证或其他法律程序。公证处具有法定权力，可以向社会公众发放公证书，归档文件，并提供相关证明。因此，要求公证存档的离婚协议可以有效地防止任何争议的发生，保护双方的利益。
总之，在离婚协议的存档方法选择上，我们可以根据自己的情况选择其中一种或两种以上。无论在哪里存档，关键是要确保协议得到了有效记录和保护，以免出现任何可能的法律纠纷。
