如果拆迁协议中包含的赔偿款项合法且合理，但政府不认账，居民可以采取以下措施：
1. 联系相关部门：居民可以向政府部门或拆迁中介机构提出申诉并提出自己的证据。这有可能会引起部门的重视并帮助解决问题。
2. 寻求法律帮助：居民可以咨询律师，申请法庭仲裁，通过法律手段来维护自己的权益。
3. 组织集体行动：居民可以与邻居组织集体行动，通过示威、宣传等方式，向公众和媒体揭露不公平待遇，迫使政府和拆迁机构考虑重视和解决问题。
4. 向上级政府投诉：居民可以向上级政府部门提出申诉，让上级部门介入调解包括市区、县区、政府部门等等。
5. 维权组织帮助：在维权组织的帮助下，居民可以协调机构和政府，寻求更公正的解决方式，组织代表居民与拆迁机构和政府方面进行协作。
总之，尽管政府不认账，但居民有权利维护自己的利益。通过采取以上措施，居民可以更好地维权，保护自己的权益。
