协议更改抚养权的办理流程包括以下步骤：
1、协商：双方当事人首先应进行协商，讨论更改抚养权的具体事宜。
2、达成协议：如果双方当事人达成了一致意见，应当草拟出一份协议，明确更改抚养权的事项、时间、方式等相关内容。
3、签署协议：双方当事人应当在协议书上签字，表示同意协议内容，并且可以委托律师审查协议是否合法有效。
4、办理变更手续：签署协议后，双方当事人应当到有关部门办理变更抚养权的手续，包括公证、司法审批等。
5、生效：办理完变更手续后，抚养权将会生效，变更的内容将会实际生效，一旦变更完成后，双方当事人应尽快履行协商好的义务。
需要注意的是，更改抚养权需要经过双方当事人的协商并结成书面协议，并且符合法定程序，否则将会产生不可预计的后果，如协商无效、签署的协议不符合法律要求等，所以，在进行协议更改抚养权的办理流程时，双方当事人要特别注意这些细节，确保其有效性。
