根据《婚姻法》的规定，夫妻关系应该是建立在相互忠诚、互相尊重、信任和爱情的基础上的。因此，如果发现自己的配偶有婚外情并生有孩子，对于妻子来说，情感和精神上的伤害是巨大的。但是，法律对此情况的处理并不简单，需要结合实际情况来决定。
首先，如果妻子选择保留婚姻关系并且丈夫同意抚养孩子，那么孩子的抚养权是属于丈夫的。丈夫要履行父亲的职责，对孩子负起责任，照顾他们的生活和教育。
其次，如果妻子决定离婚，那么在中国的法律框架下，母亲通常具有孩子的抚养权，但也要看具体情况。如果孩子有自己的意愿，并且丈夫没有犯有严重的过错，如虐待、遗弃或犯罪等，那么孩子的抚养权可能会被判给父亲。
最后，在处理此类婚姻外出生的孩子抚养权时，需要考虑到孩子的生活条件、家庭环境、教育情况等多个因素，并将孩子的利益放在首位。
总之，如果妻子的丈夫有婚外情并生有孩子，那么妻子可以选择保留婚姻关系并让丈夫抚养孩子，也可以选择离婚并争取孩子的抚养权，但是要结合实际情况来判断处理方式，并且将孩子的利益放在首位。
