迁户口抚养权协议需要在相关部门进行盖章，具体地说，需要在以下部门进行盖章：
1. 公安机关：迁户口需要通过公安机关进行办理，担任此项工作的是户籍管理所。一般来说，双方当事人需要到户籍管理所进行申报，并提交相关的材料。在办理完迁户口手续后，户籍管理所会在协议上盖章。
2. 婚姻登记处：对于离婚后的夫妻而言，需要到婚姻登记处进行抚养权协议的办理。在提交了相关材料之后，婚姻登记处会对协议进行审批，并在协议上盖章。
3. 法院：在还有争议的情况下，需要借助法院进行调解或诉讼，随后法院会对协议进行审批，并在协议上盖章。
4. 公证处：有些当事人要求将协议进行公证，以保证其有效性和法律效力。在选择公证处办理公证手续前，需要了解当地公证处的具体规定。在进行公证之后，公证处会对协议进行盖章。
综上所述，迁户口抚养权协议需要在户籍管理所、婚姻登记处、法院以及公证处等相关部门进行盖章。当事人需要了解当地的具体规定，并按照相关步骤进行办理，才能保证协议的合法性和有效性。
