当夫妻双方协议离婚时，财产分配是其中一个重要的问题。在中国，根据《婚姻法》的规定，夫妻在离婚时应当协商处理财产分配问题。如果夫妻协商无果，可以向法院提出财产分配诉讼。下面是协议离婚中公司财产的分配方式：
1. 共同所有的公司财产：
夫妻协议离婚时，对于共同所有的公司财产，可以通过达成和解协议的方式来分配。具体来说，双方可以按照事实持分比例进行分配。如果无法确定持分比例，可以通过评估公司价值来确定分配比例。
2. 非共同所有的公司财产：
对于非共同所有的公司财产，例如一个人在婚前或婚姻关系存续期间单独拥有的公司财产，或者是一个人在离婚前继承或受赠的财产，这部分财产通常是不需要进行分配的。但如果共同经营，或者是经过贡献共同财产等情况，则可以进行协商分配。
综上所述，协议离婚中公司财产的分配方式是通过夫妻协商达成和解协议来决定的。如果协商无法达成一致，可以向法院提出诉讼。在具体操作过程中，需要注意对财产性质的认定和财产价值的确定，以免发生产权纠纷。
