是的，分居需要写协议离婚。因为分居意味着夫妻双方关系出现矛盾，严重的甚至可能导致离婚。而离婚是一项法律程序，需要通过协议、调解或诉讼等程序才能实现。因此，分居后的夫妻应当制定协议离婚，以尽快解决婚姻关系中存在的问题，维护自己的权益，使离婚过程变得合法、公平、顺利。
协议离婚的主要内容包括以下方面：
1.共同财产的分配：协议离婚需要对夫妻共同财产进行清算、分配，包括房产、车辆、存款、股票、基金等财产，让双方在离婚后不出现纠纷。
2.子女抚养和监护问题：协议离婚需要明确子女抚养和监护的问题，包括子女居住、抚养费用、监护权等问题。双方父母应当合理协商、保障子女的生活和成长。
3.财产债务处理：协议离婚需要明确夫妻双方在婚姻期间产生的债务如何处理，以及应当由谁承担这些债务。
4.离婚后的生活安排：协议离婚需要确定双方分居后的生活安排，包括住房、工作、生活费用、健康保险等问题。
因此，男方在分居后需要协商制定协议离婚，以解决夫妻关系存在的问题，避免冲突加重，同时保护自己的合法权益。
