农村宅基地纠纷主要由两个部门承担管理责任，分别是乡村土地承包经营管理部门和司法部门。乡村土地承包经营管理部门主要负责监督和管理农村宅基地的分配和使用，及时解决宅基地土地使用权纠纷。司法部门则是负责在纠纷调解无效时向法院提起诉讼解决纠纷。
当发生农村宅基地纠纷时，首先应当在当地的乡村土地承包经营管理部门进行调解。乡村土地承包经营管理部门会通过调查取证等方式了解纠纷的情况，审核宅基地土地使用证、房屋建筑面积等资料，进而给出解决方案。如果所陈述的证据不足或互相矛盾，需要进一步维权时，则可以向司法部门申请诉讼。
当涉及到诉讼时，通常会被视为一种耗时费力的过程，但在许多情况下，这可能是唯一可行的解决方案。通过司法程序，纠纷双方可以得到公正的审判结果，以及农村宅基地使用权的明确划分。
综上所述，农村宅基地纠纷管理涉及到多方面的责任，乡村土地承包经营管理部门和司法部门分别负责对纠纷进行调解和解决。当发生纠纷时，双方应该理性对待，尽量通过调解达成协议，在极端情况下，可以申请司法部门的帮助来解决纠纷。
