房管所公房协议离婚如何分配问题是一个比较复杂的问题，如何分配需要参考当地相关法律法规和政策规定，并且要根据具体的情况具体分析。如果双方都是公务员，拥有房管所公房，那么其协议离婚的相关问题应该按照以下步骤来处理。
首先，双方需要根据房产证上的所有人信息及其财产证明，共同确认房屋的产权及使用权归属情况，如是否共有或者分别所有或使用。如果双方分别拥有一个或多个房屋，则需要确定每一处房屋的产权及使用权归属情况。
其次，双方需要协商房子的分配方案，如果婚姻关系较好，可以协商达成共同意见，如其中一方继续居住在该房屋内并承担相应的房屋管理费用。如果不易协商，可以根据讨论情况分别分配各自拥有公房。
最后，根据分配方案，双方可向相关部门办理房产过户手续，将房屋产权及使用权进行变更。如果其中一方有抚养子女的需要，则需要考虑子女的居住情况，如是否需要优先保障子女居住权利。
总之，房管所公房协议离婚如何分配需要考虑各种具体情况，尤其要结合当地的法律法规及政策规定，并且协商达成共识，以确保公平公正。
