如果拆迁协议丢失，房产证的处理方式会因不同的情况而异。以下是一些可能的情况和相应的应对方式：
1. 拆迁协议已经生效，但丢失了原件：如果已经签署的拆迁协议丢失了原件，应该尽快找到其他相关文件作为证明，比如备案表、征收决定书等，并到所在区的拆迁办进行咨询和申请相关手续。如果能够提供足够的证明材料，该部门有可能重新办理拆迁协议。
2. 拆迁协议未生效：如果拆迁协议还未生效，但是原件已经丢失了，可以联系所在区或者拆迁方的相关人员，或者到当地政府部门咨询如何补办，从而尽快处理好文件问题。在此过程中，强烈建议保留好所有与拆迁有关的纸质档案和电子文档，以防再次发生此类问题。
3. 拆迁协议已经失效：如果拆迁协议已经失效，而原件却已经丢失了，需要重新申请拆迁，还需要重新审批、签署协议等等。如果居民仍然希望获得赔偿，他们需要及时提出申请，从而确保文档在以后的使用中得到合法保护。
总体而言，处理拆迁协议的丢失问题需要根据具体情况进行辨别，然后采取适当的措施。对于已经签署协议并生效，却又丢失了原件的情况，需要寻找相关证据证明协议的有效性，最后向政府部门提交申请，从而解决问题。对于还未生效或始终无法恢复的协议，居民需要重新申请、审批和签署，以便在未来的拆迁过程中能够获得合法的保障。
