如果拆迁协议超过了诉讼期，这意味着如果您想挑战协议的合法性，您已经错过了提起诉讼的时间窗口。通常情况下，一旦超过诉讼期限，就不再有法律手段来撤销或修改协议。但是，如果您认为自己在这个问题上有合理的争议，您可以尝试以下几种方法：
1.与协议方谈判：如果你有哪些合理的理由，你可以联系相应的协议方，尝试与他们达成新的协议、改动原协议，以达到双方都能接受的标准。
2.提交申述，要求延期诉讼期：在某些情况下，法院可能会考虑延长诉讼时限，例如，如果您可以证明您在协议签署时不知道某些事实。这种情况下，您需要申请延期时间。
3.行政复议：如果超过诉讼时限后不久发现拆迁协议存在显著的问题，可以向拆迁行政部门提出行政复议。这项举措主要是针对对协议的内容不满，可向有关政府机构提出申请，要求官方重新审查原先的协议，并进行必要的修改。
无论您选择以上哪种方法，都需要及早采取行动。处理任何拆迁协议纠纷的时间窗口和程序通常非常严格，错过它可能代表失去你任何救济的机会。因此，当你发现有问题时，需第一时间联系有关部门或律师，如此才能尽快获得一些建议和可能的解决方案。
