设计农村宅基地的三层结构需要考虑以下几个方面：功能分区、空间利用率、安全性和美观度。
首先，宅基地三层应该按照功能分区，以保证不同区域的使用效果。因此，建议在地下、一、二层分别规划为储藏室、起居室和卧室，并且在每层设计相应的卫生间和走廊等公共空间，使得整个房屋功能区域明确。
其次，宅基地三层应最大化地利用室内空间，要求设计合理的空间布局，使得不同区域的面积可以合理使用。比如，在起居室中可以嵌入一个吊床或者沙发床，以节省卧室的面积。并且，可以考虑利用阁楼区域来放置一些不常用的物品，以避免卧室的空间浪费。
其次，设计宅基地的三层结构时要考虑安全因素，确保整个房屋的结构可以承受各种自然灾害。例如，选择高质量的建材、加强地基建设、规范房屋的电线和管道等等。
最后，应该考虑宅基地的美观度，用一些美观、实用的装饰和设施点缀整个房屋，以达到美化环境和增加生活乐趣的效果。比如，可以选择一些不同颜色和材质的吊灯或者地毯来美化室内环境。
总之，在设计农村宅基地的三层结构时，需要考虑到各种因素，包括功能分区、空间利用率、安全性和美观度等等。只有综合考虑所有因素，才能打造一个完美的农村宅基地。
