拆迁协议的档案查询可以在拆迁管理部门或者城市规划部门进行查询。在拆迁管理部门，可以咨询拆迁管理人员获取相关信息。在城市规划部门，可以查询到拆迁相关文件和计划，包括拆迁协议、拆迁补偿方案、拆迁抵偿措施等，这些都是拆迁协议的重要内容。
此外，在拆迁协议签订时，需要保留一份正本和副本。正本交由拆迁管理部门保管，副本交由业主保留。因此，业主在查询拆迁协议时，可以从保留的副本入手，了解协议的有关内容。
拆迁协议是涉及到公民、财产权益的重要行政法律文件，对于业主来说具有重要的参考价值。所以，为保护自己的权益，建议业主多加关注自己所在的社区或者城市的拆迁相关信息，了解相关法规和政策，及时咨询相关部门或者法律服务机构，保障自己的合法权益。
