拆迁协议档案一般存放在当地的城市管理部门、房屋拆迁办公室、城市规划局以及市政档案馆等部门。这些部门都具有收集、整理和保管城市建设相关档案的职责，每个部门在不同的地方都可能有不同的命名方式，但都与城市规划和拆迁有关。
如果您需要查询某个地区的拆迁协议档案，您可以先到当地城市管理部门或房屋拆迁办公室咨询，了解这些档案是否有保存和归档。如果这些档案无法提供给您，您可以尝试联系当地的城市规划局和市政档案馆，以了解这些档案是否已被转走或转移存放到其他单位。
在查询拆迁协议档案时，建议您提前进行详细的查询和了解，例如查看要查询的文件是否在保管期内，以及是否需要提供相应的证明材料等。此外，您还可以提前准备好有效的身份证明和相关证明材料，以便查询时顺利进行。
总之，查询拆迁协议档案需要咨询多个相关单位，并且需要提前做好详细的查询和了解，才能确保查询的有效性和效率。
