有瑕疵的协议离婚在法律上仍然是有效的，但是其有效性可能会受到影响。如果离婚协议中存在重大缺陷，可能会导致协议被废止或撤销，尤其是在一些严格司法管辖区。此外，在离婚协议中自愿放弃某些法定权利也可能会引起问题。
在确定协议的有效性时，法院会考虑多种因素，例如各方的意图、签订协议的过程是否涉及欺诈、协议是否明确具体、协议是否能够满足各方需求以及各方是否了解协议内容等等。
如果在签订协议过程中出现了欺诈、胁迫或其他违法行为，则协议将被视为无效；在协议中放弃某些法定权利可能会导致协议被废止。如果离婚协议中的条款在现实生活中不可执行，则法院可以撤销协议或对其进行调整。如果协议内容不清晰或不具体，则协议的效力可能会受到影响。
因此，在离婚协议中，双方必须确保协议内容清晰明确，不违反法律法规，并且在签订协议前充分了解协议内容。如果双方没有考虑到某些重要问题，或者协议存在缺陷，可以寻求律师的帮助，在签订协议之前进行协商和修改，以确保协议的有效性和合法性。
