是的，协议离婚后，抚养权协议会生效。根据我国婚姻法，离婚后父母应当协商解决子女抚养、教育和财产分割等问题，并签订书面协议。协议离婚是在双方共同协商后，达成一致意见，签订离婚协议书，经法院审核批准的离婚方式。在协议离婚过程中，双方可以就子女的监护权、抚养权、探视权、财产分割等问题进行商议，并达成一致意见。签订了离婚协议书后，经过法院的审核和确认，该协议的内容即使具备法律效力。
因此，在协议离婚后，双方达成的抚养协议会生效，并成为法律上双方必须遵守的协议。协议离婚后的抚养协议往往包括子女在离婚后的监护人、抚养方式、抚养费用及其支付方式等方面的内容。该协议的内容应该注重维护子女的合法权益和对其生活、教育等方面的需求，确保子女得到合理的抚养和照顾。
如果双方在协议离婚后违反抚养协议，则另一方可以向法院提出诉讼。在处理抚养纠纷时，法院会根据协议内容以及双方的实际情况、子女的权益等因素进行适当的调解，以保证双方子女的合法权益得到有效保障。因此，协议离婚后的抚养协议是具备法律效力的，双方必须严格遵守协议内容。
