一份离婚协议被双方签字后，通常会让双方各留一份备份。对于这两份备份协议，仅凭双方各留一份互为有效的情形是存在的。因为离婚协议是一份合同，而合同在法律上是允许复制的。所以双方各留一份事实上就是在复制这份合同，在法律上并不影响其效力。
尽管两份备份协议互为有效，但在法律程序中，如果其中一份遗失或损坏，对于离婚协议的效力可能会产生影响。因此，建议双方在签订离婚协议时，可在协议上注明“一式两份，各执一份”，并按法律程序进行存档。如此一来，即便双方各留一份备份协议出现问题，也可通过存档的法律程序来保障协议的效力。
此外，若离婚协议中存在重要事项，如财产分割、子女抚养等方面的约定，双方可考虑在协议上加盖公证处的印章，使其具有公证的效力。这样做有助于确保协议的法律效力，防止双方的约定被一方反悔或违约。
总之，离婚协议的有效性并非依赖于备份数量或者存档形式，而在于协议本身约定的事项是否符合法律规定，双方是否自愿签署，并且是否知情、意愿明确。因此，在离婚协议的签订过程中，双方应该认真对待，充分了解协议条款的含义，并确保协议的合法性、合理性、公正性。
