拆迁协议官司的处理方式要根据不同的情况而定。一般来说，如果拆迁协议存在争议，当事人可以通过以下途径进行处理：
1.仲裁：双方可以在当地有关仲裁委员会进行仲裁，双方达成仲裁协议后，该协议具有法律效力。
2.诉讼：当事人可以通过法院进行诉讼，这其中有些特定情况需要注意，如如果提起行政诉讼需要在规定期限内向行政机关提出诉讼申请。
不过，在处理拆迁协议官司的过程中，需要注意以下几点。
1.合法性：如果拆迁协议不合法，那么该协议的效果就不能得到认可，需要依据法律规定去处理。
2.证据：在处理官司时，有关方面需要确保证据的充分性和有效性，否则会影响判决结果。
3.时间：在处理拆迁协议官司时，时间也是需要考虑的重要因素，在很多情况下，官司要处理数年的时间，且最后的结果也不一定尽如人意。
总而言之，对于拆迁协议官司的处理，当事人需要尽力寻求解决方案，而且处理过程要秉持着公正性和合法性原则。
