司法所办理的离婚协议是有存档的。离婚协议是离婚双方在司法所办理离婚过程中签署的一份协议书，是对离婚双方离婚事宜的约定和协定，具有合同性质。离婚协议一旦签署，具有法律效力。
司法所会将离婚协议存档，作为对双方的约定和协议的证明。在后续的继承、财产分割、子女抚养等问题中，离婚协议的存档依然具有重要的法律效力。
此外，离婚协议的存档还可以为离婚双方提供一定的法律保障。如离婚后一方违反离婚协议的约定，存档的离婚协议可以成为另一方维权的依据，保护其合法权益。
总之，司法所办理的离婚协议是有存档的，具有法律效力，可以为离婚双方提供一定的法律保障。
