军人协议离婚是指双方自愿协商，达成一致意见，依法办理离婚手续的一种方式，其离婚后是否有离婚证主要看当事人的意愿。按照《中华人民共和国婚姻法》规定，离婚登记应当发给离婚证明，但是法律并没有规定必须发放离婚证书。
因此，如果双方在办理军人协议离婚时要求办理离婚证，可以向当地民政局婚姻登记机构申请，根据规定，需提供双方的身份证、户口簿等有效证件，还有要提供家庭状况证明、协议离婚书等资料。在确认无误后，民政局将发放离婚证明。
但是需要说明的是，即使没有离婚证明，军人协议离婚依然是合法有效的，因为它是通过双方协商达成的一致意见，并在法律、部队条例等规定下办理的合法离婚手续，不影响其合法性和效力。
总之，军人协议离婚是双方自愿协商、依法办理离婚手续的一种方式，是否需要办理离婚证，主要看当事人的意愿和需求。如果需要，可以向当地民政局婚姻登记机构申请发放离婚证明。
