违法拆迁协议的处理方式需要根据具体情况而定。如果是明显的违法拆迁行为，应首先向当地有关部门报告。可以向区司法局、城管执法局、物业管理部门等相关部门进行举报，以便及时制止违法拆迁的行为，并保护自己的合法权益。
同时，要及时联系律师，并相关文件和证据，为自己的合法权益进行维护。律师可以根据拆迁协议的条款进行法律分析，以达成更公正、合理的结果。
如果已经发生违法拆迁行为，可以向相关部门申请补偿或起诉对方进行维权。如果是在法律程序之前，双方可以考虑通过谈判进行解决。在谈判中，应当强调自己的合法权益，并与对方协商达成一致。
最后，违法拆迁的处理需要依靠法律手段进行，这需要对相关法律有比较深入的了解和理解。与此同时，切不可采取暴力行为，以免加剧矛盾，导致更严重的后果。
