结婚证是一种法律文件，在夫妻关系中具有重要的法律效力。如果结婚证不合法，那么这对夫妻的婚姻关系就无法获得法律保护，这样的情况极为罕见。
然而，如果夫妻双方在共同协商和理性思考的基础上，决定进行离婚，并签订离婚协议，那么离婚是可以被认可的。即使结婚证无效，夫妻双方依然可以依据离婚协议来解决财产分配、子女抚养等相关问题。因此，协议离婚不受结婚证的合法性质的限制。
当然，如果一方不同意离婚或者离婚协议存在重大违法行为，例如双方未达成真实协议、在协议时存在威胁、欺骗、强制等情况，离婚协议也可能被判定为无效，需要重新进行协商或通过诉讼来解决相关问题。
总之，虽然结婚证是夫妻关系的法律依据，但是夫妻可以通过协议离婚来结束婚姻关系。离婚协议的有效性不受结婚证合法性的限制，但需要确保协议的真实性和合法性。
