根据《中华人民共和国婚姻法》和《中华人民共和国道路交通安全法》，夫妻离婚后车辆的过户属于家庭财产分割的一部分。因此，南京离婚协议中车辆是否过户取决于夫妻双方在协议中达成的分割财产的协议。
如果夫妻双方在离婚协议中达成了车辆过户的协议，那么根据法律规定，双方必须依照协议履行。如果双方在协议中未达成过户的协议，那么车辆则可以由双方协商转让给其中一方，或者进行拍卖等方式变现后平分。
在车辆分割过程中，需要注意的是，如果车辆为夫妻共同财产，但是只有其中一方的名字登记在车辆行驶证上，那么另一方应该在协商中争取到车辆的权益。另外，如果车辆上仍存在未还清的贷款等债务，需双方协商清算后再进行过户或变现。
总之，南京离婚协议中车辆是否过户取决于夫妻双方协商的结果，但是在此过程中需要遵守相关法律规定，确保双方的权益得到合理保障。
