农村宅基地小商店的补偿问题是一个比较复杂的问题，需要从多个方面考虑。
首先，需要考虑的是该商店对村庄和农民的影响。如果商店是村庄的主要购物场所，那么关闭该商店将对村民的生活带来极大的影响。在这种情况下，政府应该考虑给予合理的补偿，以确保村民能够继续方便地购物。
其次，需要考虑的是该商店的经营状况。如果商店经营良好，那么应该给予更多的补偿。但如果商店处于亏损状态，那么补偿应该要低于正常经营状况下的补偿。
最后，还需要考虑的是该商店对宅基地的使用。如果商店对宅基地的使用造成了一定的影响，那么政府应该要考虑给予合理的补偿。
总的来说，补偿应该是根据商店的经营状况和对村庄和宅基地的影响来确定的。政府应该在处理该问题时，注重各方面的因素，确保合理公正的补偿方案。
